добрый вечер, подскажите пожалуйста можно ли сделать пцр с тест в аэропорту Ларнаки, чтобы прилетев с Кипра в Афины через 5-6 часов улететь оттуда в Мадрид по этому же тесту. Или в Афинах надо делать отдельный тест?

Можно, считают часы. Смотрите требования Испании по срокам.

можно уточнить: то есть в аэропорту реально делают пцр да? или лучше в Лимасоле сделать заранее?

Всегда лучше заранее. Да, делают.
https://www.hermesairports.com/covid-19/covid-19-test-labs