У нас Aegean airlines, билеты вроде бы продают со стыковкой из Кипра. Но вот показывает, что стыковка отдельными билетами. Получается, что будет выход из транзитной зоны и нужен будет Шенген, верно?

Нет, если купить на сайте Аегана через Афины проблем не будет. Посадочный на второй рейс вам дадут уже на Кипре, багаж перевезут сами. Выходить не надо, для Греции ничего не надо.

Супер! Спасибо за ваши разъяснения!

Пожалуйста. Опасаться надо когда агрегаторы стыкуют не стыкуемое :)