Добрый день, flightpass можно только за два дня до вылета заполнить? Или можно сейчас это сделать, а за два дня прикрепить вакцинацию? При заполнении дату вылета не даёт поставить, ставит дату и время заполнения анкеты

Два дня более чем достаточно

Я не спрашиваю сколько времени достаточно, я спросила можно сделать за 5 дней до вылета ? И почему при заполнении времени вылета автоматом ставится время заполнения анкеты

Ответ - нет
Прочитайте https://cyvisa.org/QA.html