Подскажите, Я оформила флайпасс на паспорт ес по которому прохожу контроль на Кипре, билет на самолёт куплен на загран рф , надо ли второй флайпасс делать на загранпаспорт рф или нет разницы?

Всем все равно

В смысле не нам всё равно, а чекину вы покажите оба паспорта :) Хотя и нам тоже.