Кто нибудь подскажет если пересекать границу с северного на южный Кипр, при наличии шенген визы будут какие то проблемы ? И впустят ли вообще ?

Только после этого начинается 90 дневное пребывание на Кипре, и при возврате на север оно не останавливается.

Не совсем так. Они считают 90 дней от первого пересечения, потом следующие 90 уже не пропустят. Потом опять от первого пересечения 90 дней можно ходить туда-сюда