Если прилетел по Шенгену на Южный Кипр через Ларнаку, потом переехал на СК, то через какое время нужно улететь из Южного Кипра, чтобы не было вопросов? И если улетел, то через какое время можно снова прилететь на Южный Кипр, чтобы ничего не нарушать?

90/180 нельзя нарушать, на юге считается весь остров.

Не совсем понятно только, как считается 180: к примеру я был до 10 января на Кипре, потом еще раз прилетел на Кипр 10 апреля, то я могу быть до 10 июля. Потом с 10 января пройдут 180 дней и я могу быть до 10 октября (начнутся новые 180 дней)? Или не так считают они дни пребывания?

В любую дату отматываете назад 180 и не должно быть больше 90, соответственно сколько до 90 не хватает - столько и можно находится.

Все теперь понятно 🤝