Получается как: Человек влетел в Ларнаку по кипрскому паспорту и этот же человек хочет вылететь через Северный Кипр по российскому паспорту. Значит с точки зрения иммиграции Северного Кипра все в порядке, он утром въехал в страну, а в обед вылетел из страны. Но с точки зрения Кипра, он как влетел в Ларнаку, так в ней и находится (судя по системе иммиграционной), получается он не может влететь через три дня в Ларнаку, т.к. он типа в стране? Значит ему нужно будет опять прилетать из Москвы в Эрджан и так же на машине ехать в Лимассол?

С кипрским паспортом никаких репрессий и прочего быть не может)

Только если на гражданство надумаете подавать, может всплыть незаконное пересечение