добрый день , подскажите пожалуйста,смогу прилететь из Стамбула в Ларнаку через Афины не имея Шенгена,но имея вид на жительство Кипра?

Да, если все билеты одной авиакомпании, и не выходить из транзитной зоны аэропорта в Афинах (впрочем, вас и не выпустят)

Aegean дает такую возможность. Или Туркиш по кодшеринг