Добрый день! Живу на Кипре по рабочей визе. Недавно, на всякий случай, получил второй загранспаспорт. Возникнут ли проблемы,  если выеду и въеду обратно на Кипр по этому второму заграну (ARC и Residence permit оформлялись на первый) ?

никаких проблем

Могут спросить про второй паспорт ,где у вас штамп о прилёт на Кипр. и обратно так-же.

И моё объяснение, что у меня два паспорта и второй находится в британском консульстве, не прокатит ?

им пофиг

они все видят в базе сразу же, у меня ни разу ничего не спрашивали, даешь паспорт с айди сразу