Подскажите, пожалуйста, в пресс-релизе о возобновлении полётов говорится о следующем: «All the passengers who come from countries not included in the two categories will repair to their homes in self-isolation for 14 days.» Это касается тех рейсов, которые будут прибывать из стран не включённых ни в одну из групп или пассажиров, которые летят через эти страны транзитом?

В тексте не вижу конкретных деталей. Скорее всего если вы не из страны А или Б, то без разницы как прилетите что транзитом что прямым вывозным рейсом - прилетев на Кипр прийдётся идти на карантин.