А как сейчас считается кто откуда прилетел? Раньше было что если транзит без ночевки или до какого-то времени, то он не считается? Ну к примеру с завтрашнего дня Австрия в оранжевой зоне, я еду на поезде из Чехии в Австрию и вылетаю из Австрии, но там не ночую, я попадаю под грин или оранж? (Чехия в грин)

Если не ночевал - то есть шанс убедить, что это был транзит

Сохраняйте билеты на поезд и правильно заполните флайтпасс.